فرایند رسیدگی به اختلافات مالیاتی در ایران طی دو مرحله مجزا و کاملا متفاوت از هم صورت می‌گیرد که در اصطلاح تحت عنوان مرحله رسیدگی به شیوه اداری و رسیدگی به طریق شبه قضایی از آن نام برده می شود.به طور کلی در دعاوی و اختلافاتی که یک طرف آن مستقیما دولت است و یا به دولت ارتباط پیدا می‌کند سعی قانون‌گذار بر این است که اختلاف سریعا حل شود بدین جهت طرفین دعوا را به سازش دعوت می‌کند، روش سازش در اکثر چنین اختلافاتی پیش‌بینی شده است؛ در اختلافات مالیاتی پیش از آنکه موضوع اختلاف به دادرسی های طولانی بینجامد و پیش از طرح اختلاف در مراجع مالیاتی قانون‌گذار در ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم اصلاحی مصوب ۱۳۸۰ امکان رفع اختلاف بین مؤدی مالیاتی با سرممیز یا ممیز ذی ربط را از طریق ممیز کل مربوطه ایجاد ‌کرده‌است بدین معنا که مؤدی ظرف مدت معین یعنی سی روز از تاریخ ابلاغ برگ مطالبه مالیات ( برگ تشخیص) می‌تواند شخصا یا به وسیله وکیل

تام الاختیار خود به ممیز کل مربوطه مراجعه و با ارائه دلایل و اسناد و مدارک مربوطه کتبا تقاضای رسیدگی مجدد نماید در این صورت ممیز کل مالیاتی باید در فرصتی که بیش از یک ماه از تاریخ مراجعه مؤدی نباشد پرونده امر را با توجه به موارد اختلاف رسیدگی و نظر خود را به مؤدی اعلام می‌دارد و اگر نظر وی مبنی بر رد برگ تشخیص باشد در این صورت مالیات تعیین شده مؤدی منتفی می شود و در این مرحله معمولا برگ تشخیص جدید صادر نمی شود بلکه برگ قطعی مالیات صادر می‌گردد و نیز اگر ممیز کل اسناد و مدارک ارائه شده از طرف مؤدی را مؤثر در تعدیل درآمد تشخیص دهد آن را تعدیل می کند. تعدیل در اینجا به معنای کسر نمودن مأخذ مالیات نسبت به صدور برگ تشخیص صادره می‌باشد لذا در هر دو مورد هرگاه نظر ممیز کل مورد قبول مؤدی واقع شود مراتب ظهر برگ تشخیص درج و به امضای هر دو می‌رسد و بدین ترتیب پرونده امر مختومه تلقی می شود.ذکر این نکته ضروری است که در اصلاحیه جدید عنوان مأمور تشخیص به کلی از قانون حذف گردیده و به جای آن عنوان اداره امور مالیاتی جایگزین شده است لذا در ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم پس از اصلاح به جای حکم ممیز کل از حکم مسئول مربوطه استفاده شده است و از طرفی به موجب آئین نامه ماده ۲۱۹ قانون مالیات‌های مستقیم موضوع رسیدگی به موارد اعتراض مؤدی توسط مسئول مربوطه از حیث مقامات صلاحیتدار توسعه یافته است بدین معنا که در صورت عدم توافق بین مسئول مربوطه (ممیز کل قبلی ) و مؤدی مالیاتی و به شرط باقی بودن مهلت یک ماهه امکان حل و فصل اختلافات به همان روشی که توسط مسئول مربوطه (ممیز کل قبلی) مقدور بود توسط مقامات بالاتر تا سطح مدیر کل امور مالیاتی وجود دارد.

به موجب ماده ۵ آئین نامه مذکور عناوین شغلی مأموران مالیاتی تعیین شده است و عنوان مسئول مربوط مقرر در ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم مترادف با مدیر امور مالیاتی می‌باشد بعبارت دیگر مدیر امور مالیاتی مذکور در ماده ۵ و ماده ۳۴ آئین نامه همان مسئول مربوط مندرج در ماده ۲۳۸ قانون مذبور است که دادرسی اداری بر عهده آن ها می‌باشد.از آنجا که این نوع دادرسی توسط مقاماتی ( به ویژه مدیر امور مالیاتی) انجام می شود که وظیفه نظارت بر حسن اجرای قانون توسط مأموران مادون را برعهده دارند و از طرفی باید در مهلت یک ماهه مقرر در قانون به دادرسی خاتمه داده و تعیین تکلیف کنند دادرسی اداری نامیده می شود. اگرچه مدیر امور مالیاتی می‌تواند برای رسیدگی دقیق در همین مهلت مبادرت به صدور قرار تحقیق ‌در مورد ادعای مؤدی معترض بنماید نکته مهم این است که نظر مدیر امور مالیاتی (ممیز کل سابق) چنانچه مورد قبول مؤدی واقع نشود منتهی به مختومه شدن پرونده و بعبارت دیگر خاتمه دادرسی نخواهد شد و پرونده امر به ‌عنوان پرونده ای که مالیات آن به قطعیت نرسیده مفتوح خواهد بود و در مرحله بعد برای رسیدگی و تعیین تکلیف به هیئت حل اختلاف مالیاتی ارجاع داده می شود. ‌بنابرین‏ رسیدگی ماهوی به اختلافات مالیاتی به دو قسمت قابل تفکیک است که عبارتند از:

الف) مرحله اداری رسیدگی به اختلافات مالیاتی

طبق مقررات ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم در مواردیکه برگ تشخیص مالیات صادر و به مؤدی ابلاغ می شود چنانچه مؤدی نسبت به آن معترض باشد می‌تواند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ به اداره امور مالیاتی مراجعه و با ارائه دلایل، اسناد و مدارک کتبا تقاضای رسیدگی مجدد نماید. مسئول مربوطه موظف است پس از ثبت درخواست مؤدی در دفتر مربوطه و ظرف مهلتی که نباید بیش از سی روز از تاریخ ثبت درخواست وی باشد به موضوع رسیدگی و در صورتی که دلایل و مدارک ابراز شده را برای رد مندرجات برگ تشخیص کافی دانست آن را رد و مراتب را ظهر برگ تشخیص درج و امضاء نماید و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازی را مؤثر در تعدیل درآمد تشخیص دهد و نظر وی مورد قبول مؤدی قرار بگیرد مراتب ظهر برگ تشخیص منعکس و به امضای مسئول و مؤدی خواهد رسید این همان مقطعی است که قانون‌گذار برای جلوگیری از وارد شدن پرونده در جریان حل اختلاف به شیوه شبه قضایی و تحمیل هزینه های اضافی و اتلاف وقت و تأخیر در پرداخت مالیات، حل اختلاف به روش اداری و توافق را پیشنهاد نموده است بدین ترتیب و درحالتی دیگر درصورتیکه مسئول مربوطه(ممیز کل یا اداره امور مالیاتی) دلایل و اسناد و مدارک ابرازی مؤدی را برای رد برگ تشخیص و یا تعدیل درآمد مؤثر تشخیص ندهد و توافقی حاصل نشود باید مراتب را مستدلا در ظهر برگ تشخیص منعکس و پرونده امر را برای رسیدگی به هیئت حل اختلاف ارجاع نماید؛ همچنین در مواردیکه برگ تشخیص مالیات طبق مقررات تبصره های مواد ۲۰۳ و ۲۰۸ قانون مالیات‌های مستقیم ابلاغ شده و مؤدی به شرح مقررات مواد ۲۳۸ و۲۳۹ همان قانون در جهت تمکین یا توافق به پرداخت مالیات اقدام نکرده باشد در حکم معترض به برگ تشخیص شناخته شده و پرونده به هیئت حل اختلاف مالیاتی ارجاع داده می شود.

ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم از جمله مواد قانونی است که بعلت اشکالاتی که از جهت ابهام در بیان شرایط ابلاغ، تعیین محل مراجعه مؤدی مالیاتی، مکان و محل تسلیم اعتراض، کیفیت دلایل اعتراض، اثر بازدارندگی در ارجاع اختلافات به مراجع بالاتر، تعیین شخص عامل و حتی ماهیت مراجعه که در آن وجود دارد موجب بروز مشکل در فرایند رسیدگی به اختلافات مالیاتی می شود. چنان که از مفاد ماده مذبور برداشت می شود قانون‌گذار در این مرحله قصد ایجاد مرجع شبه قضایی دیگری را نداشته است بلکه به منظور وصول سریعتر حقوق دولت توافق اداری را پیش‌بینی نموده است لذا از نقطه نظر قضایی ایرادی بر اقدامات شخص ممیز کل در قانون سابق و یا مسئول مربوطه در قانون فعلی مترتب نیست زیرا که اصولا قضاوتی مطرح نیست و اقدام به توافق صرفا به دلیل قرار گرفتن در یک مرحله بالاتر و برخورداری از تجربیات و اختیارات قانونی بیشتر قابل تعریف است.

ب) مرحله شبه قضایی رسیدگی به اختلافات مالیاتی