نکته­ی دیگر آن است که اداره­ی ثبت، با استعلام ثبتی، مالکیت فروشنده را بر کل ملک اعلام خواهد نمود و هرگاه چنین ملکی قبلاً خانه­ای قدیمی بوده و تخریب شده است و در آن آپارتمان­های متعدد بنا شده باشد، اداره­ی ثبت، در پاسخ استعلام، مالکیت فروشنده را طبق سوابق ثبتی (دفتر املاک)، به عنوان مالک یک باب خانه اعمال می­ نماید. در چنین وضعی، دادگاه نمی­تواند حکم به تنظیم سند رسمی انتقال آپارتمانی بدهد که احداث آن برای دادگاه محرز نیست، حتی در صورت احراز احداث بنا، به لحاظ عدم تفکیک، انتقال مال مورد معامله به عنوان یک ملک مستقل ممکن نیست. خریدار باید ضمن دعوای فروشنده، به حضور در دفتر­خانه و تنظیم سند رسمی، الزام به اخذ پایان کار شهرداری و تفکیک مورد معامله را هم درخواست کند. در این صورت دادگاه نسبت به اخذ پایان کار و تفکیک نیز حکم خواهد داد. رأیی که به ترتیب گفته شده صادر شود، بر طبق قوانین اجرای احکام به اجرا می­رسد. چنانچه ملکی، گواهی پایان کار یا تفکیک را دارد، نیاز به چنین درخواستی نیست.^[۵۸]

۴-انتقال ملک موضوع دعوا از سوی خوانده در حین دادرسی: شایسته است که خواهان هم زمان با تقدیم دادخواست الزام به تنظیم سند رسمی، درخواست دستور موقت را نیز مطرح نماید. این امر مانع نقل و انتقال ملک موضوع دعوا از جانب خوانده در جریان دادرسی خواهد شد. با صدور قرار دستور موقت، مرجع قضایی به اداره ثبت دستور می­دهد که از نقل و انتقال بعدی سند ملک به نام دیگران جلوگیری شود، بدین ترتیب در جریان رسیدگی به دعوای الزام به تنظیم سند رسمی و پس از صدور حکم به نفع خواهان، او با مشکلی مواجه نخواهد شد.^[۵۹]

لیکن گاهی اوقات خواهان به جهت عدم آگاهی نسبت به قوانین و گاهی به لحاظ عدم توانایی پرداخت خسارت احتمالی، تقاضای دستور موقت نمی­کند و در جریان رسیدگی به دعوای الزام به تنظیم سند رسمی، خوانده­ای که سند رسمی به نام وی ‌می‌باشد، آن را به شخص ثالثی انتقال می­دهد و به دین ترتیب مانع صدور حکم الزام به تنظیم سند رسمی می­ شود. در این گونه موارد خواهان باید دادخواست دیگری به خواسته ابطال سند رسمی انتقال یافته به نام ثالث به طرفیت انتقال دهنده و ثالث اقامه نماید که به جهت ارتباط این دعوا با دعوای الزام به تنظیم سند رسمی، خواهان می ­تواند درخواست نماید که به دو دعوا توامان رسیدگی شود. (ماده ۱۰۳ قانون آیین دادرسی مدنی). منتهی از آنجا که ممکن است شخص ثالث نیز در جریان دادرسی،سند رسمی را به نام دیگران انتقال دهد، برای جلوگیری از مشکلات بعدی، خواهان باید به نحو مقتضی از طریق دستور موقت و توسط مرجع قضایی مانع نقل و انتقالات بعدی شود.^[۶۰]

۵-در توقیف بودن ملک موضوع دعوا: ممکن است در جریان رسیدگی به دعوای الزام به تنظیم سند رسمی و با استعلام از اداره ثبت، مشخص گردد که ملک موضوع دعوا در توقیف ‌می‌باشد. این توقیف ممکن است توسط مرجع قضایی و اداره ثبت صورت گرفته باشد. در این صورت، دو حالت متصور است : حالت اول این است که توقیف ملک، مقدم بر تاریخ تنظیم بیع­نامه عادی مستند دعوا است. در این وضعیت دادگاه قرار رد دعوا را صادر خواهد کرد؛ زیرا مطابق ماده ۵۶ قانون اجرای احکام مدنی، نقل و انتقال اعم از قطعی، شرطی و رهنی نسبت به مال توقیف شده باطل و بلااثر است. ماده ۵۷ این قانون هم مقرر داشته است: «هر گونه قرارداد یا تعهدی که نسبت به مال توقیف شده بعد از توقیف به ضرر محکوم له منعقد شود نافذ نخواهد بود مگر اینکه محکوم له کتباً رضایت دهد.»

بر اساس ماده ۵۶ انجام معامله نسبت به مال توقیف شده باطل و ‌بر اساس ماده ۵۷ این معامله غیرنافذ ‌می‌باشد، در هر صورت چون بر معامله غیرنافذ هم قبل از تنفیذ یا رد ذی نفع، اثری مترتب نمی ­باشد، لذا چنانچه مال موضوع بیع­نامه عادی قبلاً توقیف شده باشد، بیع­نامه عادی فاقد هر گونه آثار ‌می‌باشد و با این وصف محکومیت خوانده به تنظیم سند رسمی ملک مذکور، وجه قانونی نخواهد داشت؛ مگر اینکه خواهان دعوا قبل از صدور رأی، رضایت کسی را که مال به نفع او توقیف شده است، جلب نماید که با اعلام رضایت کتبی وی موجبات صدور حکم الزام به تنظیم سند رسمی فراهم خواهد شد.^[۶۱]

اداره حقوقی قوه قضائیه در نظریه شماره چنین نظر داده است: « اگر ملکی قبلاً از طریق اجرای ثبت بازداشت شده باشد و سپس مورد معامله قرار گیرد با عنایت به مقررات ماده ۵۶ قانون اجرای احکام مدنی، صدور حکم به الزام فروشنده به تنظیم سند رسمی ملک به نام خریدار مغایر با مقررات قانونی است. همین حکم ‌در مورد املاکی هم که از طریق دادگستری و به دستور مقامات قضایی توقیف یا وثیقه قرار داده شده باشد نیز جاری است.»^[۶۲]

حالت دیگر زمانی است که توقیف ملک بعد از تاریخ تنظیم بیع­نامه عادی مستند دعوا است. برخی معتقدند که دادگاه باید به نفع خواهان حکم به الزام خوانده به تنظیم سند رسمی صادر نماید؛ زیرا در زمان توقیف، ملک مورد نظر متعلق به فروشنده و جزء اموال او نبوده است و لذا دادگاه در صورت احراز حقانیت خریدار و اثبات دعوا باید به نفع او مبادرت به صدور حکم کند، زیرا ممنوعیت بعدی نمی­تواند به عقد مقدم خلل وارد کند.^[۶۳]

در مقابل، برخی دیگر^[۶۴] عقیده شان بر این است که در این مورد هم باید قرار رد دعوا صادر شود؛ زیرا منع قانونی ماده ۵۶ قانون اجرای احکام مدنی، مانع صدور حکم است. البته اگر توقیف توسط اجرای ثبت صورت گرفته باشد، خواهان می ­تواند با طرح دعوای توقیف عملیات اجرایی و ابطال اجرائیه، پس از اثبات محق بودن خویش، از ملک رفع توقیف نموده و سپس از دادگاه صدور حکم به تنظیم سند رسمی را بخواهد.